Tests moléculaires ou pasteuriens?

Salut les lecteurs!
Ça faisait un bout qu’on ne s’était pas parlés! La dernière fois je quittais le Québec pour un symposium technique donné par le Conseil Canadien des Viandes où j’avais l’honneur d’être orateur invité! Ce fut une expérience des plus enrichissantes! Le seul point négatif fut la défaite du CH contre l’équipe locale dans le match d’ouverture de la saison… bref. Désolé de vous avoir laissé en plan, mais mon temps a été assez organisé ces dernières semaines, sans doute comme vous toutes et tous. Je vais aujourd’hui vous poser une question : lorsque vous devez tester pour la présence de microorganismes, préférez-vous les tests moléculaires (exemple PCR) ou pasteuriens (l’isolement sélectif des bactéries)?
Pour vous aiguiller la discussion, voici quelques explications. Commençons par la détection moléculaire. Elle est basée sur l’amplification et la détection subséquente d’ADN (matériel génétique) appartenant au microorganisme dont on veut voir la présence dans un échantillon donné. Cette méthode est très sensible car théoriquement, un seul microorganisme par volume d’échantillon peut être détecté. Il est également possible de quantifier l’ADN retrouvé pour se donner une bonne idée de la quantité de microorganismes qu’il y avait au départ. Le moléculaire détecte la présence d’ADN, donc la présence de microorganismes vivants ou morts. Il faut également savoir que l’ADN de tous les échantillons ne peut être recueilli selon la même pureté et la même quantité, deux conditions affectant la sensibilité des méthodes moléculaires. Une réaction PCR prend peu de temps à faire au laboratoire : avec l’extraction d’ADN des échantillons, une réponse peut être envisagée dans la journée même.
Pour la microbiologie pasteurienne, il s’agit s’isoler le microorganisme vivant sur des milieux de culture. Encore une fois, la méthode à privilégier dépend de l’échantillon de départ. La microbiologie classique prend plus de temps : enrichissement spécifique ou non permettant d’augmenter la charge de l’inconnu à identifier, suivit d’ensemencement sur milieux sélectifs (pour n’avoir que le microorganisme recherché qui pousse) et ensuite confirmation soit par des tests biochimiques, immunogéniques (utilisation d’anticorps) ou moléculaires. Un total de plusieurs jours, mais qui en bout de ligne permet d’avoir la bête en question dans le labo sur laquelle on peut réaliser plus de tests pour tenter d’en déterminer la source, par exemple.
Moi, qu’est-ce que je préfère? Et bien, ça dépend de ce qu’on cherche comme toujours. J’ouvre donc le débat avant d’y répondre!